內窺鏡室及內窺鏡消毒房為負壓地區，消毒房由奧林巴斯(Olympus) 承建商提供顧問意見建造，內視鏡亦會由奧林巴斯(Olympus)生產的自動清洗機處理消毒程序，而內窺鏡檢查中使用的儀器如活組織鉗及瘜肉勒除器，均用即棄式儀器， 以慎防交叉感染。